Территория современной Венгрия целиком расположена в бассейне Дуная, второй по величине после Волги европейской реки. Длина участка русла протекающего по территории Венгрии-410 км. В Дунай впадает большинство рек страны, в том числе Тиса, из общей протяженности которой в 960 км, почти 600 км. лежит в границах Венгрии.

Все эти реки берут начало в Альпах или Карпатах, т.е. имеют горное происхождение, что и обуславливает особенности их режима. Для Дуная характерны два паводка: весенний - в период таяния снега, и летний – во время таяния ледников в горах. Уменьшение числа стока приходится на октябрь- декабрь. Амплитуда колебания уровня воды в реках значительна, так разница между самым высоким и самым низким уровнем воды, отмечавшимся в Дунае в районе Будапешта, достигает почти 9 метров. Значительные территории, расположенные вдоль Тисы, подвергались угрозе наводнений. Проведенные гидростроительные работы позволили отрегулировать сток этой реки и исключить возможность её выхода из берегов, что обеспечило стабильное судоходство.

В Венгрии находится одно из крупнейших озёр в Европе – Балатон. Его площадь – 598 км, 77 км в длину и от 1,5 до 14 км в ширину. Озеро и окрестности превратились в курортно-туристический район международного значения. Множество небольших озёр, особенно в междуречье Дуная и Тисы, также окружены зонами отдыха.

Озёра используются и для разведения рыбы. Венгрия богата подземными водами, термальными и лечебными источниками, которые пробиваются к поверхности земли из геологических разломов, протянувшихся с севера на юг в срединной части страны. Запасы подземных вод встречаются почти на всей территории страны и сосредоточены под её равнинными частями, залегая на глубине 500–1500 м. Температура водных слоев от 30 до 80°. Ежедневный приток воды из всех источников достигает 70 млн. л. Благодаря этому, в расчете на душу населения Венгрия оказывается наиболее богатой минеральными и лечебными водами страной в Европе. Самые крупные и известные водолечебные курорты расположены в районе Балатона, в Будапеште, близ Мишкольца и в Альфёльде.

На современном этапе подземные источники всё чаще используются для снабжения населенных пунктов чистой водой.